通過質(zhì)譜圖可以用來獲取樣品表面的分子、元素及同位素的信息，可以探測化學(xué)元素或化合物在樣品表面和內(nèi)部的分布，也可以用于生物組織和細(xì)胞表面或內(nèi)部化學(xué)成分的成像分析，配合樣品表面掃描和剝離（濺射剝離速度可以達到10微米/小時），還可以得到樣品表層或內(nèi)部化學(xué)成分的三維圖像。

　　

　　通過二次離子質(zhì)譜的深度剖析來分析材料薄膜結(jié)構(gòu)是一種*的分析手段，尤其是對于分析不同薄層中的材料，以及相鄰兩層之間材料的相互影響。分析亞微米尺度下的特征、缺陷或者污染，對于諸多工業(yè)應(yīng)用領(lǐng)域具有至關(guān)重要的影響，比如：半導(dǎo)體器件加工，硬盤磁頭加工，特殊反射面，復(fù)合材料等等。

　　

　　此外，利用二次粒子質(zhì)譜還是科技前沿問題的本質(zhì)探索的有力工具，例如在生命科學(xué)領(lǐng)域可對單細(xì)胞可視化分析，可以得到藥物在細(xì)胞內(nèi)的吸收、分布、代謝等信息，還可以研究藥物在組織或者細(xì)胞中的定位，對于提高藥物的靶向性以及合理設(shè)計藥物具有重要意義。